Akatsuki

Sasori hat einige Agenten in einem Zustand der Gedankenkontrolle, um sie als Spione einzusetzen. Kakuzu hingegen hat eine Gruppe von Leuten, die sich um seine Finanzen kümmern.

Hidan, Kakuzu, Sasori, Deidara, Orochimaru

Kabuto unter Sasoris Kontrolle, Yura unter Sasoris Kontrolle

Itachi Uchiha, Kisame Hoshigaki, Konan, Pain, Tobi, Zetsu

Akatsuki arbeitete anfänglich im Verborgenen, vollzog Attentate und Spionage ohne großes Aufsehen zu erregen. Manche Mitglieder benutzen ihre Stellung in Akatsuki, um ihre eigenen Ziele zu erreichen; Kakuzu zum Beispiel, trat der Organisation bei, da es so für ihn einfacher war Geld zu verdienen. Einige Zeit nach dem Start der Serie allerdings wird Akatsuki erheblich aktiver. So erledigen die Mitglieder die Aufgaben die ihnen zugeteilt werden um ihr ultimatives Ziel zu erreichen: Herrschaft über die Welt von Naruto. Der Leiter der Organisation, Pain hat einen 3-stufigen Prozess entwickelt um zu diesem Ziel zu gelangen. Zuerst wollen sie eine hohe Summe an Geld sammeln um ihre Organisation zu finanzieren. Danach wollen sie eine Söldnergruppe aufstellen die einzig und allein Akatsuki treu ist. Um einen guten Ruf zu erlangen haben sie vor, jede Art von Mission anzunehmen, weit unter den üblichen Kosten und führen diese durch das im 1.Schritt erhaltene Kapital durch. Da es keine Kriege in der letzten Zeit gegeben hatte, können sich die Ninjadörfer es sich nicht leisten, so wenig Geld zu verlangen. Daher heuern die kleineren Dörfer Akatsuki statt den teuren Ninjadörfern an. Durch die Bijuu's kann Akatsuki jederzeit Kriege anfangen und sofort wieder beenden um dadurch ihren guten Ruf noch zu verstärken und jedes Land von ihnen abhängig zu machen. Da die Ninjadörfer nun keine Arbeit mehr hätten, würden sie an mangelndem Kapital zugrunde gehen. Da Akatsuki nun die einzige größere Ninja-Macht wäre, könnten sie ohne Probleme die anderen Länder erobern. Obwohl dieser Plan so gewaltig und heftig ist, wissen nicht alle Mitglieder beim Eintritt in die Organisation davon; Hidan fand es erst heraus nachdem er einige Zeit Mitglied war.

Der Fokus der meisten Handlungen von Akatsuki, vor allem während Shippuuden liegt bei den Bijuus, neun gigantische Monster mit unvorstellbaren Kräften. Jedes Team ist beauftragt, eines der 9 Bijuu's lebendig einzufangen, in den meisten Fällen die Personen (Jinchuuriki) in denen die Monster versiegelt sind. Derzeit hat Akatsuki mindestens 3 der 9 Monster eingefangen: der 1-schwänzige Waschbär Shukaku, die 2-schwänzige Katze Nekomata, die 3-schwänzige Schildkröte Isonade und den 4-schwänzige Hahn Sokou (sowie drei andere, was aber nicht bestätigt ist).

Sobald einer der Dämonen eingefangen wurde, wird er zum nächsten Geheimversteck von Akatsuki gebracht, wo die restlichen Mitglieder durch Projektion erscheinen. Pein beschwört eine riesige Statue eines menschenähnlichen Monsters, während der Bijuu oder sein Träger davor platziert wird. Die Mitglieder nehmen dann ihren Platz auf dem Finger der Statue ein, welcher zu dem Ring passt den sie immer tragen. Dann wird der Bijuu in der Statue versiegelt. Für die Versiegelung erscheinen 9 Drachen-ähnliche Bildnisse aus dem Mund der Statue um den Bijuu zu versiegeln oder gegebenfalls erst den Bijuu aus seinem Träger zu entfernen. Die Prozedur dauert drei komplette Tage.

Innerhalb von Akatsuki gibt es verschiedene Ansichten über die Verwendung und Anwendung der Bestien; Tobi erwähnt dass sie seinem Sharingan seine volle Stärke zurück geben könnten, Pain wiederrum hat vor sie als Massenvernichtungswaffen einzusetzen um der Welt die Unnützigkeit des Kämpfens zu zeigen.

Dieser "Tobi" taucht auf, als Sasori von Sakura erledigt wird. Es sieht so aus, als sei er eine Art Schüler von Zetsu, und da er den Ring von Sasori aus den Trümmern holt, wird er auch zu einem Mitglied. Jedoch ranken sich viele geheimnisse um ihn.
Grundsätzlich ist ja Pain sowas wie der Anführer von Akatsuki und Konan(die er schon von klein auf kennt) seine näheste Vertraute. Doch in Shippuuden gibt es eine Szene, in der Tobi plötzlich auftaucht und Pain eine Art "Befehl" gibt. Nochdazu sagt er etwas in die Richtung, er sei Uchiha Madara. Jedoch sieht man unter seine Maske immer nur ein Sharingan, nämlich das rechte. Und das lässt darauf schließen, dass Tobi Uchiha Obito ist. Denn Obito schenkte Kakashi ja sein linkes Auge. Tobi ist auch eher ein Feigling und sehr Vorlaut, genauso wie Obito war. Außerdem ist es doch sehr unwahrscheinlich, dass Madara noch lebt, schließlich war er der erste Uchiha, und lebte zu Zeiten des 1. Hokage(obwohl Hidan ja auch aus der Zeit kommt, und solange überleben konnte).
Und noch eine Kleinigekeit über Pain: er besitzt das Rinnegan, welches das dritte Kekkeigenkai ist, welches sich auf Augen bezieht. Es ist sehr wenig über das Rinnegan bekannt, und lange Zeit galt es als ausgestorben. Jedoch ist es als das stärkste dieser "Augen" bekannt und wurde Pain von Rokudou Sennin , dem Gründer der Ninjawelt, vererbt.
Nach dem Kampf gegen den Tyrann des Regenlandes während des Bürgerkriegs, den nur Orochimaru, Tsunade und Jiraya überlebten(daraufhin gab ihenen der Tyrann, Hanzou, den Namen Sannin), blieb Jiraya noch im Regenland, um sich um drei kleine Kinder zu kümmern, die durch den Krieg ihre ganze Familie verloren hatten. Er trainierte die drei und ihre Namen waren Konan, Nagato(Pain) und Yahiko. Eines Tages kam Konan völlig aufgelöst angelaufen und brachte Jiraya zu den beiden Jungen, die auf einer Wiese saßen, neben ihenen ein toter Chunin. Der Chunin hatte Yahiko angegriffen, und Nagato hatte ihn mithilfe des Rinnegans(ohne es zu wissen) gerettet und den Angreifer getötet. Nagato hatte selbst nicht gewusst, dass er das Rinnegan besitzt, geschweigedenn wie stark es ist(und dass es eigentlich als ausgestorben gilt). Nachdem Jiraya überzeugt war, dass die drei alleine klar kommen(sie schafften es gemeinsam einen seine Doppelgänger zu schlagen), verließ er Amegakure. Bis Jiraya Jahre später in Shippuuden während eines Kampfes wieder auf Konan und Nagato(Pain) trifft, glaubte er, die beiden wären tot(er hörte ein gerücht, wonach sein drei Schüler gestorben seien).
Pain hatte Hanzou besiegt und sich selbst zum neuen Herrscher über Amegakure gemacht. Doch er hatte einen Epos um seine Person geschaffen, wodurch er von der Zivilisation nur als "Gott Pain" bekannt ist(es soll ihn nie jemand zu Gesicht bekommen haben). Pain kann den Regen kontrollieren und ist von sich selbst überzeugt, ein Gott zu sein.